This is an old revision of the document!
Problem metadynamiky Metadynamika sampluje nekolikanasobne body ktere uz ma jednou nasamplovane. To ji cini neefektivni v techto ohledech: a] V kazdem kroku se sumuje prez mnoho gaussianu (vsechny zatim ulozene) b] Energie systemu se vyhodnocuje (tzn. napr. ab-initio vypocet) se provadi opakovane i v oblastech potencialovych jam kde uz byla energie dobre nasamplovana
Predpoklady Metadynamika tak jako tak spoleha na tyto predpoklady 1]Energeticky profil je dostatecne hladky aby jej stacilo vzorkovat s rozlisenim dX, kde dX je polosirka pokladanych gaussianu 2]Mnozina X pro ktere je E(X)< Emax je dost mala v prostoru {X} na to aby ji bylo mozne celou pokryt nejakym rozumne malym poctem gaussianu se stredem v Xi a polosirkou dX.
Diskretizace Xi V klasicke metadynamice muze byt Xi - tj. poloha vzorku v kterem vyhodnocujeme E(Xi) a do ktereho pokladame gaussian Gi - libovolny nahodny vektor realnych cisel. Vyuzijeme-li ale predpokladu o hladkosti E(X), muzeme E(X) stejne dobre vzorkovat i gausiany pokladanymi jen do diskretnich pozic s vzajmne pravidelnymi rozestupy (umyslne se vyhybam pojmu mrizka). Gaussiany s konecnou polosirkou dX nemohou samplovat PES presneji at uz jsou rozlozeny spojite, nebo jen diskretne s rozestupy ~dX. Pzn. Pojmu mrizka se vyhybam proto ze ve vicedimenzionalnim prostoru ktery predpokladame se jakakoli mrizka stava velmi pametove nakladnou (m^N, kde m je pocet vzorku v kazde dimenzi). Tato diskretizace ovsem nevyzaduje alokovat pamet pro polohy X ktere zatim nebyly samplovany (a pravdepdoobne ani nebudou). Stejne jako v pripade puvodni Metadynamiky si pamatujeme pouze body, ktere uz samplovany byly (a kterych je tudis relativne maly pocet), prezto defakto tyto zapamtovane body tvori neuplnou mrizku.
Vyhody diskretizace
