=== Několik vylepšení minimalizace pomocí tlumené molekulární dynamiky === 

1) **Fiktivní hmotnosti** Všchny částice mají nastavené hmotnosti tak, aby jejich vibrační mody byly podobné, tzn. za předpokladu že na všechny částice působí stejná síla, mělyby by být jejich hmotnosti stejné. V opačném případě se hmotnost určuje podle maximální síly na která kdy na částici působila  


=== Minimum direction ===

V molekulární dynamice představuje problém tlumení pomalých (mělkých) modů současně s rychlými (tuhými). 
V mírně nakloněné kruhové jámě podává většina algoritmů ( CG, BSFG, MD) špatné výsledky proto, že tvrdé mody (radiální směr) vynucují krátký časový krok, při kterém je relaxace měkých modů (pohyb údolím po odbodu) velice pomalá.
  


=== Uphill Damping ===