User Tools

Site Tools


scissor_operator

Differences

This shows you the differences between two versions of the page.

Link to this comparison view

Both sides previous revision Previous revision
scissor_operator [2011/12/06 13:18]
prokop
scissor_operator [2011/12/06 13:19]
Line 1: Line 1:
-====== Scissor operator ====== 
- (by Enrique) 
- 
-Scisor operator computation is composed from 3 steps 
-    - Export molecular orbitals coefficients from free standing molecule SCF by setting ​ iwrtcdcoefs = 1 
-    - set koopmans shifts for orbitals of molecule (file koopman_shift) 
-    - run SCF of molecule on electrodes with gap correction on (igap = 3) 
- 
-===== Free molecule computation ===== 
- 
-As example you can use fireball.in like this ( importaint is to se iwrtcdcoefs = 1 ) 
- 
-<​code>​ 
-&OPTION 
-basisfile = freemol.bas ​ 
-lvsfile = cel.lvs 
-icluster = 0 
-nstepf = 1 
-sigmatol = 0.000001 
-max_scf_iterations = 100 
-iqout = 0 
-ifixcharge = 0 
-&END 
- 
-&OUTPUT 
-iwrtcdcoefs = 1 
-&END 
-</​code>​ 
- 
-<​code>​ 
-12 
-   ​8 ​    ​-0.000000 ​     0.006964 ​    ​-0.307366 
-   ​6 ​     0.000000 ​    ​-0.001848 ​     1.561491 
-   ​1 ​     0.000000 ​    ​-2.253742 ​     1.713401 
-   ​1 ​     0.000000 ​     2.250737 ​     1.711678 
-   ​6 ​     0.000000 ​    ​-1.242741 ​     2.296730 
-   ​6 ​     0.000000 ​     1.240398 ​     2.295749 
-   ​6 ​    ​-0.000000 ​    ​-1.240740 ​     3.721606 
-   ​6 ​    ​-0.000000 ​     1.239884 ​     3.720292 
-   ​1 ​    ​-0.000000 ​    ​-2.253492 ​     4.301542 
-   ​1 ​    ​-0.000001 ​     2.253787 ​     4.299402 
-   ​6 ​    ​-0.000000 ​     0.000210 ​     4.460464 
-   ​8 ​     0.000000 ​     0.000069 ​     6.330528 
-</​code>​ 
- 
-===== SYSTEM computation ===== 
- 
-   - copy cdcoeffs.dat from molecule computation to the SYSTEM directory 
-   - Set koopmans shifts for orbitals of molecule. To do this you should specify start and end atom of molecule inside the system geometry file. Ten set number of molecular orbitals (the same number as first number of molecular cdcoefs.da) to be shifted and specify shifts for each of the orbitals. 
- 
-<​code>​ 
-19        first_atom 
-30        last_atom 
-76        orbitals 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-  -1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-   ​1.00000 
-</​code>​ 
- 
-then you can run computation with (igap=3), see this fireball.in as a reference 
-<​code>​ 
-&OPTION 
-basisfile = answer_small.bas ​ 
-lvsfile = cel.lvs 
-icluster = 0 
-nstepf = 1 
-sigmatol = 0.000001 
-max_scf_iterations = 100 
-dt = 0.5 
-iqout = 0 
-ismeagol=0 
-ifixcharge = 0 
-igap = 3 
-&END 
- 
-&OUTPUT 
-iwrtHSrho = 0 
-iwrteigen = 0 
-iwrtdos = 0 
-&END 
-</​code>​ 
  
scissor_operator.txt ยท Last modified: 2011/12/06 13:19 (external edit)