uphill_damped_md
Několik vylepšení minimalizace pomocí tlumené molekulární dynamiky
1) Fiktivní hmotnosti Všchny částice mají nastavené hmotnosti tak, aby jejich vibrační mody byly podobné, tzn. za předpokladu že na všechny částice působí stejná síla, mělyby by být jejich hmotnosti stejné. V opačném případě se hmotnost určuje podle maximální síly na která kdy na částici působila
Minimum direction
V molekulární dynamice představuje problém tlumení pomalých (mělkých) modů současně s rychlými (tuhými). V mírně nakloněné kruhové jámě podává většina algoritmů ( CG, BSFG, MD) špatné výsledky proto, že tvrdé mody (radiální směr) vynucují krátký časový krok, při kterém je relaxace měkých modů (pohyb údolím po odbodu) velice pomalá.
Uphill Damping
uphill_damped_md.txt · Last modified: 2011/02/18 13:13 (external edit)
Except where otherwise noted, content on this wiki is licensed under the following license: CC Attribution-Noncommercial-Share Alike 4.0 International
