User Tools

Site Tools


uphill_damped_md

Několik vylepšení minimalizace pomocí tlumené molekulární dynamiky

1) Fiktivní hmotnosti Všchny částice mají nastavené hmotnosti tak, aby jejich vibrační mody byly podobné, tzn. za předpokladu že na všechny částice působí stejná síla, mělyby by být jejich hmotnosti stejné. V opačném případě se hmotnost určuje podle maximální síly na která kdy na částici působila

Minimum direction

V molekulární dynamice představuje problém tlumení pomalých (mělkých) modů současně s rychlými (tuhými). V mírně nakloněné kruhové jámě podává většina algoritmů ( CG, BSFG, MD) špatné výsledky proto, že tvrdé mody (radiální směr) vynucují krátký časový krok, při kterém je relaxace měkých modů (pohyb údolím po odbodu) velice pomalá.

Uphill Damping

uphill_damped_md.txt · Last modified: 2011/02/18 13:13 (external edit)