This shows you the differences between two versions of the page.
— |
uphill_damped_md [2011/02/18 13:13] (current) |
||
---|---|---|---|
Line 1: | Line 1: | ||
+ | |||
+ | === Několik vylepšení minimalizace pomocí tlumené molekulární dynamiky === | ||
+ | |||
+ | 1) **Fiktivní hmotnosti** Všchny částice mají nastavené hmotnosti tak, aby jejich vibrační mody byly podobné, tzn. za předpokladu že na všechny částice působí stejná síla, mělyby by být jejich hmotnosti stejné. V opačném případě se hmotnost určuje podle maximální síly na která kdy na částici působila | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === Minimum direction === | ||
+ | |||
+ | V molekulární dynamice představuje problém tlumení pomalých (mělkých) modů současně s rychlými (tuhými). | ||
+ | V mírně nakloněné kruhové jámě podává většina algoritmů ( CG, BSFG, MD) špatné výsledky proto, že tvrdé mody (radiální směr) vynucují krátký časový krok, při kterém je relaxace měkých modů (pohyb údolím po odbodu) velice pomalá. | ||
+ | | ||
+ | |||
+ | |||
+ | === Uphill Damping === | ||
+ | |||